Dalam pemantauan WI, tahun 2009 setidaknya ada 35 kasus pelanggaran kebebasan beragama yang dilakukan aparat negara. Dari 35 kasus tersebut bisa dilihat dari berbagai kategori.

Dilihat dari segi aktor aparat negara yang terlibat dalam pelanggaran kebebasan beragama dapat dikelompokkan: 1) Kepolisian 18 kasus (45 %); aparat pemerintah daerah 8 kasus (20 %); pemerintah desa dan kecamatan 6 kasus (15 %); kejaksaan dan bakorpakem 4 kasus (10 %); pengadilan 2 kasus (5 %); dan lainnya 2 kasus (5 %).

Dari segi bentuk pelanggaran: 1) pelarangan keyakinan 9 kasus; 2) pembiaran 7 kasus; 3) kriminalisasi keyakinan 7 kasus; 4) pembatasan aktifitas keagamaan 5 kasus; 5) pelarangan (restriksi) tempat ibadah 5 kasus dan; 5) pemaksaan keyakinan 2 kasus.

Sedangkan sebaran wilayah pelanggaran kebebasan beragama dan berkeyakinan terjadi di 1) Jawa Barat 10 kasus; 2) Jawa Timur 8 kasus; 3) Jakarta 4 kasus; 4) Jawa Tengah 3 kasus; 5) NTB 3 kasus; 6) Sumatera 3 kasus; 7) Sulawesi 2 kasus; 8) Kalimantan 1 kasus.

Sepanjang tahun 2009, peristiwa intoleransi terjadi sebanyak 93 kasus. Kasus terbanyak terjadi pada Juni dan Nopember 2009, masing-masing 11 peristiwa. Setelah itu berturut Januari (9 peristiwa), Februari (9 peristiwa), Mei (9 peristiwa), Maret (8 peristiwa), Agustus (8 peristiwa), Desember (7 peristiwa), Juli (6 peristwa), April (5 peristiwa), September (5 peristiwa), Oktober (5 peristiwa).

Peningkatan isu intoleransi pada Juni 2009 tampaknya dipicu hiruk pikuk kampanye pemilihan presiden yang digelar mulai 13 Juni hingga 4 Juli 2009. Pemilu presiden sendiri digelar bulan berikutnya: 8 Juli 2009. Seperti biasa berkembang di momen hajatan lima tahunan ini, kasus politisasi agama meningkat tajam -yang sebagiannya tidak termasuk dalam kategori tindakan intoleransi. Untuk konteks Indonesia, isu keagamaan masih dilihat isu penting yang bisa mempengaruhi opini masyarakat pemilih.

Di lihat dari sisi wilayah, daerah paling "panas" meledaknya kasus-kasus intoleransi masih ditempati Jawa Barat 32 kasus (34 %). Setelah itu Jakarta 15 kasus (16 %), Jawa Timur 14 kasus (15 %), dan Jawa Tengah 13 kasus (14 %). Di Jawa Barat, isu yang paling menghantui kehidupan keberagamaan adalah isu yang masuk dalam kategori penyebaran kebencian yang ditujukan kepada agama tertentu seperti Yahudi, Kristen, atau kelompok/individu yang diduga sesat (10 tindakan penebaran kebencian). Selengkapnya Daftar Isi&  Isi lengkap