Seperti tampak dari namanya, Institute for Cultural Studies, Desantara merupakan LSM yang memfokuskan aktivitasnya pada bidang kebudayaan. Sejak awal kelahirannya, para penggagas Desantara yang mayoritas kaum muda berlatarbelakang pendidikan pesantren tradisional, melihat akar persoalan yang dihadapi masyarakat Indonesia melekat erat pada praktik kebudayaan.
Karena itu, untuk mampu mengurai persoalan yang ada, tidak mungkin dilakukan pendekatan-pendekatan yang bersifat instan. Diperlukan upaya-upaya mendasar yang menyangkut pengembangan kesadaran tentang pentingnya menghargai pluralisme dalam berbagai aspek kehidupan. 

Untuk itulah Desantara menaruh perhatian utama pada tiga aspek. Pertama, berupaya menggagas dan memfasilitasi terjadinya rekonsiliasi Agama dan Kebudayaan. Kedua, melakukan Advokasi HAM kultural. Ketiga, mengangkat isu-isu yang berkaitan dengan Perempuan Multikultural. Masing-masing aspek tersebut menitikberatkan perhatian pada persoalan; pertama, diskriminasi agama, ras, etnik dan budaya. Kedua, tafsir-tafsir monolitik dan eksklusif tentang Islam. Ketiga, marjinalisasi Perempuan Lokal/Adat 

Gagasan-gagasan sentral tersebut dielaborasi Desantara dalam beberapa kegiatan utama yang meliputi: Halaqah Budaya di Pesantern dan di sejumlah komunitas adat, Advokasi Komunitas/Pendampingan dan juga studi Kebijakan/regulasi tentang Agama dan Kebudayaan. Kegiatan-kegiatan lain juga dilakukan dalam bentuk Seminar Publik/Pengajian Agama dan Kebudayaan, diskusi Perempuan Multikultural di Kampus-Kampus serta publikasi/penerbitan buku/majalah (Desantara)/buletin (Diaspora, Jalang) dan sebagainya.  

Dalam melaksanakan program-programnya, lembaga yang memiliki 30 personel pendukung ini bekerjasama dengan mitra-mitra kerja seperti, Lapar (Makasar), Averroes (Malang), Fahmina (Cirebon), Pakuan (Bandung), Komunitas Adzan (Tasikmalaya), Merak (Ponorogo) dan lain-lain. Beberapa lembaga yang berperan Mitra Funding Agency bagi Desantara adalah The Asia Foundation, The Ford Foundation dan The Japan Foundation.  

Sebagai LSM yang masih tergolong baru, Desantara saat ini menghadapi sejumlah kesulitan dalam melaksanakan program, diantaranya menyangkut jaringan yang belum solid, kualitas SDM belum optimal dan manajemen keorganisasian yang masih lemah. Karena itu jika ada tawaran bantuan peningkatan capacity building, Desantara akan memprioritaskan program tersebut untuk melakukan pembenahan pada aspek manajemen organisasi/kelembagaan, peningkatan kualitas SDM dan juga untuk melengkapi fasilitas sarana dan prasarana organisasi.