LK3 merupakan LSM yang memiliki konsen luas di bidang sosial kemasyarakatan. Ada tiga keprihatinan utama yang hendak dijawab oleh para aktivis LK3 yang hampir semuanya adalah kalangan muda ini. Pertama, kebodohan, keterbelakangan dan kemiskinan yang melilit sebagian besar masyarakat Islam di pedesaan. Kedua, tidak adanya lembaga yang fokus pada kajian Islam dan kemasyarakatan. Ketiga, tidak adanya gerakan dari kelompok masyarakat sipil yang mampu memberi pengaruh pada perubahan sosial di masyarakat.

Beberapa isu utama yang sedang ditekuni LK3 saat ini adalah; Pertama, Penguatan Kelompok Petani Lahan Gambut Pasang Surut yang selama ini termarjinalkan dalam pembangunan. Kedua, Penguatan jaringan pesantren untuk mendorong perubahan sosial berbasis menuju masyarakat sipil yang transpormatif. Ketiga, Pewacanaan khazanah tradisional pengetahuan Islam untuk menguatkan pemahaman Islam di Masyarakat.

Gagasan-gagasan tersebut dielaborasi LK3 dalam beberapa format kegiatan utama, seperti: Pendampingan untuk pemberdayaan petani di 9 desa, Kajian rutin keislaman setiap bulan, Penguatan jaringan pesantren, Penguatan Media Alternatif di pesantren, dan Penerbitan jurnal budaya KANDIL. Sementara kegiatan-kegiatan lain yang mendukung program utama adalah: Program Bedah buku penulis-penulis lokal, tujuannya untuk mendorong budaya membaca dan memberikan penghargaan kepada para penulis serta memotivasi kepada penulis lain untuk melahirkan karyanya dalam bentuk buku, program monitoring dan advokasi proyek pembangunan desa yang bersumber dari dana utang luar negeri, dan juga program penyadaran lingkungan hidup usia dini di sekolah dasar.

Dalam menjalankan program-programnya, lembaga yang didukung 40 anggota ini menjalin kerjasama dengan beberapa pihak seperti, Yayasan Duta Awam - Ford Foundation, Harian Banjarmasin Post, Yayasan Cakrawala Hijau Indonesia, Walhi, Aliansi Meratus, Jarak, Dian Interfidei, Gereja Kalimantan Evangelis Kalimantan,Yakoma, STT GKE, dan juga Imparsial. Beberapa Mitra Funding Agency LK3 antara lain Yayasan Kehati, Yayasan PKM, Yayasan Duta Awam - Ford Foundation dan Mission 21. Beberapa LSM yang cukup intensif menjalin kerjasama dengan LK3 antara lain Walhi, Pekerja Anak, Mitra Kehati, Forum Dialog, Dian Interfidei, Pokja Wartawan Lingkungan Hidup, Yayasan Cakrawala Hijau, Lembaga advokasi Masyarakat Sa-ijaan dan Yayasan Dinamika Inovasi Swadaya.

Meski sudah cukup banyak menggelar program, LK3 tetap merasa ada beberapa kesulitan organisasi ketika melaksanakan program. Kesulitan itu mencakup kemampuan sumber daya yang tidak merata, terbatasnya dana dan juga terbatasnya peralatan dan perlengkapan. Karena itu jika ada tawaran bantuan peningkatan capacity building, LK3 akan memprioritaskan kesempatan tersebut untuk membenahi manajemen keuangan lembaga, menyusunan data base dan sistem pengolahan data, pengadaan media publikasi alternatif dan juga untuk membangun fundraising untuk keberlanjutan lembaga.