JIL merupakan lembaga non pemerintah yang memiliki konsen utama di bidang pemikiran sosial keagamaan. Kemunculan organisasi ini di awal tahun 2001 lebih didorong oleh kenyataan menguatnya kelompok-kelompok fundamentalisme Islam di Indonesia. Kemunculan paham fundamentalisme ini tampak semakin menghawatirkan ketika diikuti dengan munculnya lasykar-lasykar Islam, yang dengan menggunakan atribut-atribut Islam justru memprovokasi masyarakat untuk melakukan tindak-tindak kekerasan.

JIL yang dimotori oleh sejumlah kaum muda berlatarbelakang pesantren namun berpandangan liberal ini pun mengibarkan tekad untuk memfokuskan kegiatan pada tiga aspek utama. Pertama, membendung munculnya fundamentalisme Islam. Kedua, mencegah munculnya kekerasan yang mengatasnamakan agama (Islam). Ketiga, mengembangkan demokrasi, mempromosikan pentingnya menghargai HAM dan mengembangkan paham Islam Liberal yang toleran, pluralis dan emansipatif.

Gagasan-gagasan tersebut dielaborasi oleh JIL dalam sejumlah kegiatan. Diantaranya adalah, sindikasi media di Jawa Pos dan jaringannya serta koran-koran lokal lainnya, menggelar Talk Show di 40 Radio swasta di Jakarta dan daerah lain, mengelola Website www.islamlib.com, Penerbitan Buku dan majalah, serta menggelar diskusi di kampus-kampus dan pesantren. Meski demikian JIL juga tidak segan menggelar kegiatan dalam bentuk lain seperti unjuk rasa atau demonstrasi dengan mengusung isu-isu kemanusiaan, dan dalam forum yang terbatas juga menggelar Workshop.

Dalam menjalankan program-programnya, JIL yang saat ini hanya didukung oleh 10 personel, menjalin kerjasama dengan berbagai mitra diantaranya penerbit media, seperti Koran, Radio dan jumlah kampus-kampus mahasiswa dan NGO-NGO lainnya. JIL juga menjalin kerjasama dengan Mitra Funding Agency, yaitu antara lain The Asia Foundation.

Secara internal JIL merasa bahwa saat ini ada sejumlah kendala yang dihadapi organisasi JIL. Dua kendala utama yang ada adalah menyangkut dana dan SDM. Karena itu jika ada tawaran bantuan peningkatan capacity building, JIL akan memprioritaskan program tersebut untuk peningkatan kemampuan dan potensi SDM dan juga untuk membenahi infrastruktur kantor dan jaringan beserta fasilitasnya.